Ich würde mal vermuten, daß Deine Knie instabil sind, das hatte ich auch anfänglich (und geknackst haben sie auch ). Bei mir hat sich das mit zunehmendem Training verbessert.
Wichtig sind auf jeden Fall gute Schuhe, die Du ja hast, wie Du sagst.
Dehnübungen vor dem Laufen würde ich nicht machen, das verträgt die kalte Muskulatur nicht gut.
Darf ich fragen, wieviel Du wiegst? Bzw. ob Du übergewichtig bist?
Wünsche Dir auf jeden Fall, daß es besser wird und Du dadurch nicht den Spaß am Laufen verlierst...