Vielleicht hast Du einen Meniskusschaden - bei mir ist der linke Außenmeniskus kaputt, und die Schmerzen bzw. die Art, wie sie auftreten, ist ähnlich, wie es bei Dir klingt. Plötzliche Schmerzen, die dann ebenso plötzlich wieder weg sind, und oft ohne einen direkt erkennbaren Anlass. Auch dieses Gefühl, dass irgendwas im Knie "falsch liegt" kenne ich.
Lass das mal überprüfen - Meniskusschäden kann man übrigens auf Röntgenbildern nicht erkennen, ggf. musst Du also noch eine Kernspintomographie machen.